德州大学安德森分校癌症中心的研究人员克服了单细胞DNA(scDNA)测序的技术挑战,开发了种以单分子分辨率进行scDNA测序的新方法。这发现发表在Nature杂志上,为测序数百种癌细胞提供了种准确而有效的新方法,同时也为癌症发展提供了新的见解。
研究人员先通过荧光激活的细胞分选从数千个细胞中分离出单个细胞核。然后通过三步化学过程将每个细胞中的DNA切割成精确的片段,添加通用接头并结合条形码,进行新代测序。
通过这种改进的方法,研究人员可以对有限数量细胞中的DNA进行测序,从而试图回答有关癌症进化的常设问题。研究小组先发现,三阴性乳腺癌会经历“间断性癌症演化”( punctuated cancer evolution),在染色体不稳定的初始爆发中获得拷贝数变化,但是并不知道癌细胞在此事件之后是否继续积累变化。
为此研究人员对来自八种三阴性乳腺癌和四种细胞系的16,178个单细胞进行了拷贝数分析。“我们发现这些细胞中的间断性进化伴随着短暂的不稳定。在初的事件之后,会有段时间,拷贝数的变化会以高速率累积,终会降低到基本速率。”
这新见解可以解释为什么治疗并不总是有效的——小部分癌细胞可能已经获得了能够传达对特定疗法耐药性的突变。展望未来,研究人员希望确定肿瘤发生的遗传变化数量是否可预测临床结果。